商品房合同糾紛主要由住房城鄉(xiāng)建設部和房地產(chǎn)監(jiān)管部門管理。住房城鄉(xiāng)建設部負責制定、解釋和管理商品房銷售合同的相關政策法規(guī)，對商品房銷售行為進行監(jiān)督和管理。同時，各地區(qū)的房地產(chǎn)監(jiān)管部門也負責監(jiān)督、調查和處理商品房銷售合同糾紛案件，維護購房者的合法權益。購房者可以向住房城鄉(xiāng)建設部投訴或向當?shù)氐姆康禺a(chǎn)監(jiān)管部門申訴，尋求解決商品房合同糾紛的幫助和支持。