證券合同糾紛主要可以通過以下幾種方式進行處理：

1. 協(xié)商解決：雙方當事人可以通過協(xié)商、調解等方式，就證券合同糾紛進行解決，達成和解協(xié)議。

2. 仲裁解決：雙方當事人可以約定將證券合同糾紛提交仲裁機構，由仲裁員進行裁決，仲裁結果具有強制執(zhí)行力。

3. 訴訟解決：當雙方無法通過協(xié)商或仲裁解決糾紛時，可以向人民法院起訴，進行民事訴訟，最終由法院作出判決。

4. 其他方式：根據具體情況，當事人還可以選擇采取其他方式處理證券合同糾紛，如調解、調查取證等。

在處理證券合同糾紛時，當事人應根據具體情況選擇最合適的解決方式，并根據法律規(guī)定和證據提供證明，以便維護自身權益。