土地承包合同糾紛一般由農(nóng)村土地管理部門負責處理。根據(jù)我國相關法律法規(guī)，農(nóng)村土地屬于國家所有，土地承包合同糾紛涉及土地權益的歸屬問題，因此由農(nóng)村土地管理部門負責處理。具體來說，各地的農(nóng)村土地管理部門可能有不同的名稱，例如農(nóng)業(yè)農(nóng)村局、縣農(nóng)村土地管理局等，但它們的職責都是管理和監(jiān)督農(nóng)村土地的合法使用和承包情況。當出現(xiàn)土地承包合同糾紛時，當事人可以向所在地的農(nóng)村土地管理部門提出申請，經(jīng)過調(diào)查核實后，該部門會根據(jù)相關法律法規(guī)作出處理決定，保障土地合法權益并維護農(nóng)民利益。