轉股合同糾紛的處理最好的方法應該包括以下幾個步驟：

1. 梳理爭議：首先要明確轉股合同糾紛的具體爭議點和糾紛的主要矛盾所在。對合同的條款和合同執(zhí)行過程進行全面、客觀的分析，理清彼此的權利義務和責任。

2. 尋求協(xié)商解決：雙方可以通過協(xié)商解決糾紛，包括組織雙方進行溝通、提出調解方案等。通過充分溝通和妥善處理，發(fā)揮雙方的互動性，盡量達成雙方都可以接受的解決方案。

3. 公證仲裁：如果協(xié)商解決無效或雙方無法達成一致意見，可以通過公證仲裁的方式解決糾紛。公證仲裁具有成本低、效率高、程序簡便等優(yōu)勢，可以確保爭議快速得到解決。

4. 訴訟程序：如果公證仲裁無法解決爭議，可以選擇通過訴訟的方式維護自己的權益。對于重大轉股合同糾紛，訴訟程序可以提供更為嚴格和權威的判決，但訴訟手續(xù)相對復雜、周期較長。

在處理轉股合同糾紛的過程中，雙方都應保持冷靜、理性的態(tài)度，秉持公平、公正的原則進行解決。同時，合同的條款應當明確和合理，對于合同的內容要仔細審查和充分理解，避免合同漏洞和不當規(guī)定的出現(xiàn)。最好的方法是通過協(xié)商解決糾紛，避免訴訟和仲裁過程給雙方帶來不必要的損失。