合同糾紛案件的管轄主要由以下幾個因素來決定：

1. 合同的約定：如果合同雙方在合同中明確約定了爭議解決的方式和管轄地，則按照合同約定進行處理。

2. 雙方協商一致：雙方當事人可以協商一致選擇特定的管轄地或仲裁機構，達成一致后按照協商結果進行處理。

3. 履行地：合同中約定了履行地的，一般情況下應當由該地法院或仲裁機構進行管轄。

4. 總部地：如果一方當事人的總部地與合同糾紛有直接關聯，一般可以選擇提交給總部所在地的法院或仲裁機構進行處理。

5. 客觀因素：有時候合同糾紛涉及到了特定的行業(yè)、專業(yè)知識等，需要專業(yè)的法院或仲裁機構進行判決或仲裁。

綜上所述，合同糾紛案件的管轄主要由合同約定、當事人協商、履行地、總部地以及客觀因素來確定。當雙方無法達成一致或沒有明確合同約定時，應根據具體情況選擇合適的管轄機構。