商鋪轉讓合同糾紛可以通過以下方法解決：

1. 協(xié)商解決：雙方可以通過友好協(xié)商，尋找一個雙方皆可接受的解決方案，如調整合同內容、重新談判等。

2. 居間調解：雙方可以選擇請一個中立的第三方調解人介入，對糾紛進行調解，幫助雙方達成和解。

3. 仲裁解決：如果商鋪轉讓合同中有仲裁條款，雙方可以選擇將糾紛提交仲裁機構，由仲裁員作出裁決，一旦仲裁裁決作出，具有強制執(zhí)行力。

4. 訴訟解決：如果糾紛無法通過協(xié)商、調解或仲裁解決，雙方可選擇向法院提起訴訟，希望通過法院的審理來解決爭議。

無論采用哪種解決方式，雙方要注意保留證據，如合同、付款記錄、通信記錄等，以便在糾紛解決過程中能夠提供有效證據。同時可以尋求法律專業(yè)人士的幫助，獲得專業(yè)的法律建議和指導，以便更好地應對商鋪轉讓合同糾紛。