認(rèn)定工程合同糾紛案由主要需要以下步驟：

首先，要仔細(xì)審查合同內(nèi)容，包括合同條款、附件、補(bǔ)充協(xié)議等文件，以了解雙方的權(quán)利和義務(wù)。

其次，要考察工程施工過程中的問題，包括工期延誤、施工質(zhì)量不合格、變更設(shè)計(jì)等。需要調(diào)查是否有一方違約或者未履行合同約定的責(zé)任。

第三，要考慮雙方的證據(jù)材料。這些材料可以包括合同書面證據(jù)、工程施工過程記錄、現(xiàn)場(chǎng)勘查報(bào)告、技術(shù)鑒定報(bào)告等。通過分析這些證據(jù)，可以了解雙方是否存在違約行為。

第四，要參考相關(guān)法律法規(guī)，包括《中華人民共和國(guó)合同法》、《中華人民共和國(guó)建筑法》等。這些法律法規(guī)規(guī)定了工程合同的相關(guān)規(guī)定和雙方的權(quán)利義務(wù)，可以作為認(rèn)定案由的依據(jù)。

最后，根據(jù)以上調(diào)查和分析結(jié)果，可以認(rèn)定工程合同糾紛的案由。可能的案由包括合同違約、合同解除、索賠等。在實(shí)際操作中，還需要考慮案件的具體情況和相關(guān)法律法規(guī)規(guī)定，進(jìn)行綜合判斷。