股權(quán)合同糾紛是指在股權(quán)轉(zhuǎn)讓、股東權(quán)益分配、公司治理等方面產(chǎn)生爭議，并最終導致合同雙方無法達成一致意見。在處理股權(quán)合同糾紛時，需要采取一系列的措施來排除妨害。

首先，確定爭議焦點和事實依據(jù)。雙方應明確爭議的核心問題，并搜集與該問題相關的各項證據(jù)。這包括股權(quán)轉(zhuǎn)讓協(xié)議、公司章程、股權(quán)登記簿等。通過詳細的調(diào)查和審查，可以初步確定事實依據(jù)，為后續(xù)解決爭議提供支持。

其次，盡快啟動調(diào)解或仲裁程序。在股權(quán)糾紛中，當雙方無法通過協(xié)商解決爭議時，可以選擇訴訟、調(diào)解或仲裁等方式解決爭議。調(diào)解是一種相對迅速和經(jīng)濟的方式，可以由專業(yè)的調(diào)解員協(xié)助雙方達成和解。仲裁則需要選擇合格的仲裁機構(gòu)，根據(jù)仲裁協(xié)議進行程序上的處理。及早啟動調(diào)解或仲裁程序，有助于盡早解決爭議。

第三，充分發(fā)揮證據(jù)的作用。證據(jù)是解決糾紛的關鍵。雙方應注意保全和固定證據(jù)，包括書面證據(jù)和口頭證據(jù)。如果雙方有證據(jù)能夠證明自己的權(quán)益或要求，需要在訴訟、調(diào)解或仲裁中進行充分的證明和闡述。同時，對方提供的證據(jù)也需要進行嚴密的分析和駁斥，以保障自身權(quán)益。

第四，積極協(xié)商解決糾紛。雙方可以通過律師等專業(yè)人士的協(xié)助，進行積極的協(xié)商和溝通。在協(xié)商過程中，要注意維護雙方的合法權(quán)益，尋求雙方都能接受的解決方案，避免爭議進一步升級。

第五，合法維權(quán)。如果對方采取不合法的行動妨礙解決糾紛，雙方有權(quán)采取法律手段維護自身合法權(quán)益。這包括申請司法保全措施、提起訴訟等。合法維權(quán)有助于排除妨害，保障自身權(quán)益。

總之，股權(quán)合同糾紛的解決需要采取多種措施來排除妨害。通過明確爭議焦點和事實依據(jù)，啟動調(diào)解或仲裁程序，發(fā)揮證據(jù)作用，積極協(xié)商解決糾紛，以及合法維權(quán)等方式，可以幫助雙方妥善解決糾紛，維護自身權(quán)益。